Jak souvisí hicv a související?

Hi-C a související techniky představují skupinu metod zachycení konformace chromozomů používaných ke studiu prostorové organizace genomu.

Tyto techniky měří frekvenci fyzikálních interakcí mezi různými oblastmi genomu a poskytují pohled na strukturu chromatinu vyššího řádu a na dálkové regulační interakce. Zde jsou některé běžně používané Hi-C a související techniky:

1. Hi-C (Vysoce propustné zachycení konformace chromatinu):

Jedná se o originální a nejrozšířenější techniku ​​Hi-C. Zahrnuje zesíťování interagujících chromatinových segmentů, fragmentaci DNA a následnou ligaci fragmentů DNA dohromady. Ligované fragmenty se poté sekvenují a výsledná data se použijí k vytvoření mapy interakcí celého genomu.

2. 5C (zachycení konformace kruhového chromozomu):

Tato technika je podobná Hi-C, ale používá jinou metodu přípravy knihovny, která vede k cirkularizovaným fragmentům DNA. Cirkularizace umožňuje efektivnější zachycení interakcí na dlouhé vzdálenosti a může poskytnout data s vyšším rozlišením v určitých oblastech genomu.

3. ChIA-PET (analýza interakce chromatinu pomocí sekvenování párových koncových značek):

Tato technika kombinuje imunoprecipitaci chromatinu (ChIP) s Hi-C k identifikaci dlouhodobých interakcí spojených se specifickými proteiny nebo modifikacemi histonů. Může být použit k mapování interakcí specifických transkripčních faktorů nebo jiných regulačních proteinů s jejich cílovými geny.

4. PLAC-seq (sekvenování chromatinu asistované blízkou ligací):

Tato technika využívá proximitní ligaci k zachycení interagujících fragmentů DNA před sekvenováním. Umožňuje detekci interakcí ve vyšším rozlišení ve srovnání s tradičními metodami Hi-C a může poskytnout informace o orientaci interagujících sekvencí.

5. Capture Hi-C:

Tato technika využívá biotinylované sondy RNA k obohacení o interakce mezi specifickými genomovými oblastmi zájmu. Navržením sond, které cílí na specifická lokusy, umožňuje Capture Hi-C cílenou analýzu genomových interakcí regionálně specifickým způsobem.

Každá z těchto technik poskytuje cenné informace o trojrozměrné organizaci genomu a přispěla k našemu pochopení genové regulace, dynamiky chromatinu a jaderné architektury. Volba techniky často závisí na konkrétní výzkumné otázce a požadované úrovni rozlišení a mapovatelnosti.