Typy AutoDock Atom

AutoDock jevzdělávací platforma, která používá známé atomy a rozhraní mřížky v kombinaci s lepením předvídat závaznou sazbu většiny malých molekul . To umožňuje studentům , aby prakticky studovat molekuly vázání bez nutnosti nákladné laboratorní čas a trénink . Prvky

AutoDock podporuje základní prvky : H , C , N , O , F , Mg , P , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br a I. Ty byly parametrizovat v rámci programu tak, že uznává jejich fyzikální vlastnosti , atributy a reakce na ostatní prvky . Tyto základní prvky mohou být použity k vytvoření molekuly a testovány s vazebným aplikací nebo rozpouštědla . Pro příklad , student by se uvést dvě molekuly vodíku na jednu molekulu kyslíku , H2O a budou moci vyzkoušet tento vodní molekuly proti jeho závazné sazby .
Vazba

AutoDock podporuje celou řadu závazných nebo dokovací chemikálií a prvků ,název a nebo štítek dokovací prvku by měla být zadána do uživatelského rozhraní , najděte a vyberte správný prvek . AutoDock poskytuje systém nástrojů , které pomáhají pohled , sledovat a urychlit proces lepení . Patří mezi X - ray krystalografie a struktura založená na design drogy , vedoucí optimalizaci , virtuální screening ( HTS ) , kombinatorické knihovny design, protein - protein dokování a chemický mechanismus studie . To umožňujestudentům pracovat s prvky a jejich lepení na základě různých podmínek , takže nejlepší a nejpřesnější výsledky testů může být dosaženo .
Grid Mapa

sítě AutoDock nebo Grid Mapa se používá pro spárování a zápas prvky s pojivy , aby tak učinily , student by měl vstoupit chemický název prvku v jednom formátu Letter vyhledejte ji na síti . Prvky na sítě již byla zkoumána a testována , a již byly definovány jejich obvody . To umožňujestudentovi jednoduše vyberte atom a pojiva , aniž byste museli zadávat detaily . AutoDock Grid Map proto umožňuje studentovi se dozvědět o vlastnostech a obvodů atomu při testování jeho závaznou sazbu .
Přidávání prvků

Pokud student má prvek že dosud nebyl zadán do systému AutoDock , může se zadat pomocí již existující obvodové soubor AutoDock je s přesným podrobné informace o atomu v pochybnost . To by pak možné odeslat na AutoDock a kalibrován , znovu kalibrován na přesnost , než je právě testována. Nicméně je třeba poznamenat, že přidá prvek vyžaduje hluboké znalosti o tom, jak se prvek bude chovat a reagovat během procesu spojování , jakož i s jinými atomy .