Co se stane s pepsinem, který se dostane do tenkého střeva?

Pepsin, který vstupuje do tenkého střeva, je inaktivován alkalickým pH tenkého střeva. Pepsin je kyselá proteáza, která optimálně funguje v kyselém prostředí žaludku. Když se dostane do tenkého střeva, které má pH kolem 8, ztrácí aktivitu a není již schopné štěpit bílkoviny. Slinivka také vylučuje hydrogenuhličitanové ionty do tenkého střeva, které dále pomáhají neutralizovat kyselý chymus a vytvářet prostředí, které je vhodnější pro ostatní trávicí enzymy, jako jsou pankreatické proteázy a lipázy.